Sesuai Peraturan Bupati Kaimana Nomor 3 Tahun 2017 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Dinas Daerah dan Satuan Pamong Praja dan Pemadam Kebakaran Kabupaten Kaimana, maka Struktur Organisasi Dinas Perikanan Kabupaten Kaimana adalah sebagai berikut :
- Kepala Dinas
- Sekretaris Dinas, membawahi :
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;
- Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan;
- Bidang Perikanan Tangkap, membawahi :
- Seksi Produksi Perikanan Tangkap;
- Seksi Sarana dan Prasarana Perikanan Tangkap;
- Seksi Pengelolaan dan Pengawasan Sumber Daya Perikanan.
- Bidang Perikanan Budidaya, membawahi:
- Seksi Produksi Perikanan Budidaya;
- Seksi Sarana dan Prasarana Perikanan Budidaya;
- Seksi Pembenihan, Kesehatan Ikan dan Lingkungan
- Bidang Pengolahan dan Pemasaran, membawahi:
- Seksi Mutu dan Pengolahan Hasil Perikanan
- Seksi Promosi, Investasi dan Pemasaran Perikanan
- Seksi Pelayanan dan Pengembangan Usaha Perikanan
- Unit Pelaksana Teknis
- Kelompok Jabatan Fungsional